Situato nell'oratorio dei SS. Fabiano e Sebastiano, risalente nella sua forma primitiva al 9° secolo, il museo ospita documenti e testimonianze sulla storia dell'edificio, oltre ad arredi sacri della parrocchia di Ascona. Di particolare interesse sono la pala d'altare raffigurante la Madonna con i santi Fabiano e Sebastiano, opera di Giacomo Damotti di Palagnedra, e l'Incredulità di S. Tomaso di scuola caravaggesca. Sono inoltre esposte tele di Lorenzo Lotto (Ultima Cena), di Paolo Veronese (Madonna con Bambino) e del Morazzone (Matrimonio della Vergine).