Das Botanische Museum wurde 1895 von Hans Schinz gegründet und 2015 dem Institut für Pflanzen- und Mikrobiologie angegliedert. Seine wissenschaftlich, biokulturell und historisch bedeutenden Lehr- und Forschungssammlungen werden jedoch regelmässig im Rahmen von temporären Ausstellungen gezeigt. 20‘000 bis 25‘000 botanische Kuriositäten, oft durch reiches photographisches Bildmaterial illustriert, stammen von Forschungsexpeditionen, die auf allen Kontinenten durchgeführt wurden. Fossilien aus dem Miozän, Pflanzenreste aus den Pfahlbausiedlungen, Grabgirlanden aus dem Alten Ägypten, einheimische und exotische Hölzer, Früchte, Samen und Blumen, überdimensionierte Blumenmodelle sowie Dioramen geben Aufschluss über die eindrucksvolle Geschichte der Botanik und der Beziehungen zwischen Pflanzen und Menschen.