In der Krypta des Fraumünsters finden sich die ältesten Überreste der Fraumünster-Abtei. Eine multimediale Ausstellung spannt den Bogen über 1200 Jahre Stadt- und Kirchengeschichte. Sie bietet Einblick in die Entwicklung des Klosters, in die Reformation und Geschichte des heutigen Fraumünsters. Zeichnungen und Animationen dokumentieren die Bauphasen des Klosters. Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der Reformationszeit. Ausgestellt sind Faksimiles von Briefen von Heinrich Bullinger, eine Ulrich-Bibel oder der Kopf einer Marienstatue, die Opfer des Bildersturms wurde. Der dritte Teil zeigt die Entwicklung von der Abtei zur heutigen Pfarrkirche.