La misión del MMC es salvaguardar y dar a conocer el Patrimonio natural y cultural marítimo de Cantabria en el marco del mar Cantábrico y del arco Atlántico, promoviendo su conservación, y en consecuencia, su acrecentamiento a la sociedad. El primer antecedente institucional del MMC lo encontramos en la Estación Marítima de Zoología y Botánica Experimentales, creada por Real Decreto en 1886, ubicada en Santander gracias a la labor de Augusto González de Linares, nombrado su primer Director. En 1907 se construye junto a la dársena de Molnedo un edificio con carácter provisional que aloja un reducido museo zoológico, un acuario y los laboratorios de 'La Biología'. El Museo Naval del Real Astrillero de Guarnizo, fundado en 1948, constituye otro de los antecedentes. Esta institución sobrevivirá solo veinte años. El MMC nace del interés mostrado por Rafael González Echegaray y Orestes Cendrero Uceda, al retomar e impulsar las numerosas reclamaciones de personalidades e instituciones que venían manifestando la necesidad de fundar en Santander un centro cultural. Gracias a sus gestiones se firma en mayo de 1972 un convenio para la construcción de dos edificios, uno destinado a laboratorio oceanográfico y el otro a museo. Comienzan las obras en septiembre de 1975, inaugurándose en abril de 1981. Mantiene su actividad hasta principios del 2000, cuando se cierra temporalmente para abordar una ampliación y extensa remodelación museográfica, abriéndose nuevamente al público en mayo de 2003.