El Museo de Bellas Artes de Santander fue inaugurado en 1908. Se encuentra en un edificio histórico cuyo destino iba a ser la Biblioteca Municipal. El Museo se desarrolló organizado en distintas secciones. En 1941 se dedica sólo a la sección de Bellas Artes. En 1947-1948 tiene lugar una reorganización de la colección dirigida por José Simón Cabarga, contando con nuevos fondos de los siglos XVI al XX. En 1979 el entonces director Fernando Zamanillo reestructura nuevamente la colección. En 1990 comienza una modernización del museo dirigido por Salvador Carretero. En 2011 el museo adopta su nombre actual.