El 27 de agosto de 1926 el rey Alfonso XIII inauguró el Museo Provincial de Prehistoria en el Instituto de Segunda Enseñanza de Santa Clara (Santander). Debido al aumento de los depósitos, el Museo trasladó su sede a los bajos del edificio de la Diputación Provincial, donde permaneció desde 1941 hasta 2009. El 27 de junio de 2013 se inaugura la nueva sede en su actual ubicación del Mercado del Este.