Creado el 28 de marzo de 1933 y en 1979 transferido al Ministerio de Cultura, que adaptó el antiguo Colegio Menor Santa María del Mar como sede en 1981. Debido a problemas estructurales, se ordenó su cierre y se acometió la construcción de un nuevo edificio de estilo contemporáneo tras la demolición de la antigua sede, siendo inaugurado el 23 de marzo de 2006. Ha sido galardonado con los premios PAD y ARCO 2004, finalista de los premios FAD 2005 y diploma de honor en Mejor Museo del Año 2008. Su exposición permanente presenta un discurso singular y especializado en los dos momentos culturales que distinguen a la provincia almeriense: las culturas de Los Millares y El Argar, constituyendo un referente para el estudio de estas sociedades del III y II milenio antes de nuestra era.