Ubicado en el Palacio de Benamejí, monumento del Barroco ecijano del siglo XVIII, el museo cuenta con una sección de arqueología, una sala de arte ecuestre y sala de exposiciones temporales. Las salas de arqueología presentan la riqueza patrimonial de Écija y su comarca, cuyos fondos proceden de las excavaciones efectuadas en Écija desde 1985, de la propia colección municipal y de depósitos y donaciones de particulares. Entre las piezas arqueológicas destaca la amplia representación de piezas metálicas prehistóricas, tres estelas de guerreros tartésicas, la placa de Écija (pieza singular de orfebrería orientalizante del siglo VII a.C.), o el variado repertorio de cerámica andalusí. La Colonia Augusta Firma Astigi fue una de las cuatro ciudades principales de la Bética romana, cuya importancia se refleja sobre todo en las extensas colecciones de inscripciones y elementos arquitectónicos, espléndidos mosaicos como los del Don del vino, Las estaciones del año o el Triunfo de Baco, y la espectacular escultura de la Amazona herida, copia romana (siglo II d.C.) de un original griego del período clásico, en excepcional estado de conservación, que se incorporó al museo en 2003 procedente de las excavaciones de la Plaza de España de la localidad. La Sala de Arte Ecuestre muestra carruajes, monturas y guarniciones, material veterinario, de herraje, bocados, fotografías y grabados.