Situado en el recinto de la Alcazaba, una de las mayores construcciones militares islámicas conservadas en España, concretamente en el antiguo palacio de los Condes de la Roca y Duques de Feria, edificio mudéjar. La colección muestra los vestigios arqueológicos de la provincia de Badajoz desde la Prehistoria hasta la Baja Edad Media.