El Museo del Puerto Fluvial es un museo céntrico y de pequeño tamaño en el se encuentran los restos de la esquina nordeste del Foro, la más próxima al antiguo puerto fluvial. El río Ebro era navegable desde Tortosa hasta Vareina (Logroño), y suponía una vía de comunicación de importancia tanto para el intercambio comercial como cultural. En él se explica las singularidades de la navegación y el camino de sirga. Inaugurado en el 2000, entre las ruinas conservadas se encuentran los restos de un gran edificio y las marcas de las legiones VI Victrix y X Gémina, fundadoras, junto con la IV Macedonica, de Caesaraugusta. El museo forma parte, junto con el Foro, las Termas Públicas y el Teatro, de la Ruta Caesaraugusta.