El Museo de San Francisco pretende descubrir la iglesia conventual de San Francisco como un elemento fundamental del patrimonio de Medina de Rioseco, además de mostrar, conservar y difundir una colección de importantes piezas de arte pertenecientes a las diferentes iglesias de la ciudad, en especial de la propia iglesia de San Francisco, y crear un nuevo recurso turístico que sirva como elemento de dinamización y de desarrollo local.