El Conjunto Arqueológico de Madinat al-Zahra consta de un museo y un yacimiento. El edificio está concebido como punto de partida para la visita al yacimiento, con una presentación y exposición museográfica sobre la ciudad califal. En la exposición permanente se explica la fundación y la actividad de la ciudad califal, así como su relación con los Estados del siglo X, a través de material arqueológico procedente de distintas excavaciones del conjunto. La colección expositiva está compuesta por elementos arquitectónicos y decorativos, cerámica, vidrio, elementos metálicos, etc., que explican la vida cotidiana de la ciudad y sus habitantes. Destaca especialmente la colección de cerámica verde y manganeso característica de Madinat al-Zahra.