A principios de 1990 Astilleros Españoles decide acometer el proyecto de restauración del Antiguo Dique de Carenas de la Factoría de Matagorda y su entorno. Dos grandes líneas de trabajo marcaron las tareas de rehabilitación, por un lado las intervenciones sobre los bienes inmuebles del antiguo centro de reparaciones y por otro las operaciones de recuperación del patrimonio documental de la empresa. A destacar dentro del recinto el dique de carenas, los talleres de maquinaria y forja, la capilla neorrománica levantada en memoria del primer Marqués de Comillas y el área dominada por los restos arqueológicos del antiguo Castillo de Matagorda. Sobre el antiguo edificio de la cámara de bombas se levantan las actuales dependencias del museo, donde se puede seguir la evolución de la construcción naval española. El Museo cuenta con las instalaciones de Archivo, Biblioteca, Hemeroteca y Fototeca.