El museo tuvo su embrión en los años ochenta del siglo XX, a iniciativa municipal con la colaboración de un grupo de entusiastas de la Historia y la Arqueología. Tiene su sede actual en un edificio construido en 1755 por el comerciante de ganado Alonso Ortega y Muñíz en terrenos del Deán de la Catedral de Cádiz. El inmueble responde a la arquitectura doméstica, con características barrocas y neoclásicas. El contenido de las colecciones de este museo es muy variado, siendo de mayor volumen los fondos arqueológicos y los de Bellas Artes. La Prehistoria, Edad del Bronce, época fenicia, púnica y romana, completan el discurso expositivo arqueológico. La sección de Bellas Artes está integrada por obras procedentes de concursos y exposiciones y el patrimonio del edificio consistorial.