Se ubica en el edificio de las antiguas Escuelas del Pilarejo. Los primeros elementos de exposición están destinados al medio físico, principalmente a explicar la importancia del paisaje kárstico y los procesos de fosilización. Desde este marco se comienza describiendo los primeros pobladores de la comarca en la Prehistoria, exponiendo los materiales hallados en importantes asentamientos neolíticos como El Castillejo o La Fuente de las Palomas, para explicar los modos de vida de este periodo. A continuación se inicia un recorrido desde el Bronce Final, siguiendo con el poblado ibérico fortificado, continuando con su conversión en municipio romano, adentrándose en la medina andalusí Karkabul y su conquista cristiana, y finalizando con la Edad Moderna y Edad Contemporánea.