A través de su colección podemos hacer un recorrido por la historia montillana, dado que la mayor parte de las piezas proceden de yacimientos de su término municipal. Partiendo desde las primeras manifestaciones de industria lítica del Paleolítico inferior, hasta la Edad de los Metales, encontramos fragmentos cerámicos de la cultura del Vaso Campaniforme. La presencia del asentamiento ibero-turdetano localizado en Montilla queda demostrada por piezas cerámicas, monedas, fíbulas de bronce y, principalmente, con el ejemplar en bronce que pertenece al grupo de los conocidos como signa equitum íberos tipo Jinete de la Bastida. Al periodo romano pertenecen piezas arquitectónicas, esculturas, vinculadas a la actividad agrícola, pertenecientes al ámbito científico (ajuar quirúrgico), propias del ajuar doméstico (piezas de terra sigillata, vajillas de vidrio transparente y de cerámica común) y referentes a lo funerario (colección de exvotos). La introducción a la Edad Media queda reflejada con una serie de piezas del periodo visigodo que detentan un alto valor documental. Asimismo, el esplendor andalusí queda expuesto con una serie de piezas pertenecientes al periodo del califato cordobés. La importancia que alcanzó Montilla durante el Siglo de Oro queda testimoniada con piezas de calidad artística e histórica.