Tiene su sede en una casa-palacio conocida popularmente como Casa de las Aguas, debido a que en este recinto estaban los depósitos de agua de suministro de la ciudad. Posee el estilo característico de las casonas señoriales de fines del siglo XIX, ordenada en torno a dos núcleos comunicados mediante un jardín. En la planta baja se encuentra la capilla-oratorio del antiguo Asilo de los Dolores, que conserva los primeros frescos que pintó José Garnelo, junto a su hermana Eloísa en 1886. José Garnelo (1866-1944), incansable buscador de nuevos planteamientos estéticos, supo aunar el clasicismo más depurado con las nuevas tendencias de la vanguardia en el apasionante tránsito de los siglos XIX y XX, para legarnos una obra rica y diversa que hoy podemos contemplar en el Museo que Montilla.