Se crea gracias a la iniciativa particular del doctor en farmacia, cronista de Zuheros, miembro de la Real Academia de Córdoba y de la Iberoamericana de Farmacia, que le da el nombre al mismo, Juan Fernández Cruz (1925-2006). Su dedicación en recuperar, custodiar y catalogar las piezas expuestas durante medio siglo, junto con el apoyo del Ayuntamiento de Zuheros, hizo que se abriera al público este museo etnográfico. El museo recrea las formas económicas y sociales desaparecidas que, entre la segunda mitad del siglo XIX y la primera mitad del siglo XX, supusieron para la localidad y su comarca un modo de vida que marcó todas las manifestaciones externas de sus habitantes. El trabajo, la sociedad y las costumbres de otros tiempos son los ejes principales sobre los que gira este museo, que en sus distintas áreas expositivas recrea las dependencias de distintos oficios artesanos, profesiones liberales y útiles agrícolas, además de una serie de estancias del hogar.