El edificio en el que se ubica ha albergado el Ayuntamiento de la ciudad durante más de 450 años, uso para el que fue construido entre 1530 y 1539, hasta su conversión definitiva como sede del Museo Municipal de Baza en 1998. La mayor parte de los fondos son de carácter arqueológico, que se han estructurado en cuatro grandes periodos cronológico culturales: Prehistoria; Cultura Ibérica; Época Romana, y Épocas Visigoda, Árabe y Edad Moderna.