Fue inaugurado en 1839 en el antiguo Convento de Santa Cruz la Real, donde permaneció hasta 1889. En los años cincuenta del pasado siglo, se instaló en el Palacio de Carlos V, en la Alhambra, acrecentando sus colecciones desde su inauguración. El conjunto de obras que expone, fundamentalmente pinturas y esculturas de los siglos XV al XX, muestra el arte en Granada y Granada a través del arte, en cuatro apartados: Renacimiento y manierismo, el Barroco en Granada, la pintura en Granada en el siglo XIX, y por último, del novecentismo a las vanguardias. Sus fondos proceden fundamentalmente de bienes desamortizados, así como obras procedentes del Museo de Arte Moderno, depósitos del Museo del Prado, las donaciones y adquisiciones de la Junta de Andalucía.