Es un edificio histórico, conocido por el nombre de Caserón de los Alcaldes Cristianos, construido en el siglo XVI. El museo organiza la colección en cinco secciones: Bajo tus pies la memoria, que reúne lo mejor de la colección arqueológica municipal, una maqueta de la ciudad andalusí, grabados (siglos XVI al XIX) y fotografías (siglos XIX-XX); Con nombre y apellidos, agrupa material escultórico, pictórico, honorífico, heráldico y protocolario de la casa consistorial, así como de personajes ilustres; Está escrito, donde aparecen importantes documentos paleográficos del Archivo Histórico de Loja y elementos tecnológicos más recientes relacionados con los medios de comunicación y difusión social; En olor de santidad, colección de enseres relacionados con la Semana Santa lojeña, donde se expone obra pictórica y un magnífico retablo del siglo XIX; y, finalmente, Polvo eres, que presenta ajuares funerarios de naturaleza arqueológica, íbera y visigoda, además de la reproducción de un enterramiento prehistórico.