En su origen, este museo fue creado por iniciativa de un grupo de intelectuales bajo el título Museo Provincial de Bellas Artes, e incorporado al Estado en 1922, contando con unos fondos que procedían en casi su totalidad de particulares y de un pequeño lote de maestros de los siglos XIX y XX depositados por el entonces Museo de Arte Moderno de Madrid. El núcleo originario de la Sección de Arqueología se debe a la intensa labor de Carlos Cerdán y en un principio estaba formado por materiales procedentes de las excavaciones realizadas en El Pozuelo y La Zarcita y de otras intervenciones de la provincia. El incremento de la colección y la necesidad de exponer adecuadamente sus fondos pictóricos almacenados permitieron que el actual museo se inaugurara en 1973. Estructuradas sus colecciones en dos secciones, la primera dedicada a la Arqueología, muestra la historia paleontológica y geológica de Huelva y la actividad humana y la historia de sus pobladores desde el Paleolítico. La sección de Bellas Artes se centra en el arte en Huelva en el siglo XX, facilitando la bipolaridad entre exposiciones temporales y exposición permanente.