El Museo Arqueológico está dedicado al profesor Manuel Sotomayor Muro por ser el primer arqueólogo que excavó el yacimiento de Los Villares de Andújar, lugar en el que encuentra enterrada la antigua Isturgi de sobrenombre Triumphales. Este núcleo de población constituye el germen y origen del municipio de Andújar. Sus orígenes posiblemente se inicien en el Neolítico, aunque será durante la época romana cuando se convertirá en un gran centro productor de 'Terra Sigillata'. Los ámbitos culturales que abarca el museo comienzan con los orígenes de Andújar bajo el mar (restos de fauna marina fosilizados), la Prehistoria; Paleolítico y Neolítico (industria lítica), Edad de los Metales (cultura EL Argar), Cultura Ibérica (Ajuares funerarios, torso zoomórfico y elemento arquitectónico con relieve de sacrificio), Cultura romana (Terra Sigillata, Herma Votiva, única en Hispania por su singularidad), Cultura Visigoda (broches), Cultura Medieval Árabe (piezas cerámicas) y Medieval Cristiana (piezas cerámicas).