El museo realiza un recorrido por la historia cultural de la ciudad, desde la época paleolítica hasta la actualidad. Tras una breve introducción geográfica, medioambiental y conocer el cronograma histórico-cultural, vemos los contenidos más antiguos, enterramientos prehistóricos, restos romanos y musulmanes, hasta el siglo XV. Este espacio finaliza con la Baeza cristiana y la ciudad universitaria, así como una pincelada de la colección de documentos que se conservan en la ciudad. También se analiza desde la Baeza renacentista hasta los personajes ilustres de la Baeza del siglo XX.