La sección histórica está ubicada en la torre del homenaje del Castillo de Yedra, y la sección de artes y costumbres en un edificio anexo. Las piezas son de carácter histórico, artístico y, sobre todo, las que reflejan las artes y costumbres populares, de ahí la denominación del museo. Los fondos proceden en su mayoría de depósitos del antiguo Museo Provincial de Jaén, pues la creación de este museo se pensó como una sección del mismo.