O Museu da APM foi implantado em abril de 2000 e inaugurado em 18 de outubro de 2002. Sob a curadoria de 12 anos do Prof. Dr. Jorge Michalany (1916-2012), que doou grande parte de seu acervo, o museu tem como objetivo expor suas obras, resguardando a memória da história da Medicina, no apoio à pesquisa e à difusão cultural.