A coleção de peças zoológicas do Museu de Zoologia da Universidade Federal de Viçosa teve início em 1933, através do Prof. João Moojen, tendo sido prosseguida por seu antigo aluno, Prof. José Candido de Melo Carvalho até 1946. Contudo, posteriormente o Museu sofreu uma perda e deterioração de vários exemplares devido à falta de um local apropriado para o depósito de material e curadoria inadequada. Nas últimas décadas, o esforço combinado de vários professores e pesquisadores tem levado à recuperação e melhoria das coleções. Em 1993, o aumento das atividades do Museu levou à transferência das coleções do Edifício Chotaro Simoya (“Prédio da Biologia”) para a casa n° 32 da Vila Gianetti, no campus da Universidade Federal de Viçosa. O museu foi nomeado em homenagem ao fundador de suas coleções, tornando-se conhecido como “Museu de Zoologia Professor João Moojen de Oliveira”. Em 2007 o nome foi modificado para “Museu de Zoologia João Moojen”.