Cuenta con tres salas de exposición en las que se realiza un recorrido por el medio físico, desde la Prehistoria hasta la Edad Media de la comarca. Encontramos una introducción al medio físico de Fuente Tójar, destacando una representación de fósiles significativos, así como materiales aparecidos en el Cerro de la Mesa: cerámica, industria lítica en sílex, piedra pulida y alguna pieza de metal, etc. A continuación se recogen los materiales procedentes del Cerro de las Cabezas, uno de los principales hitos en la investigación arqueológica de la época íbera. También pueden contemplarse diversos aspectos de la vida de los pobladores de Iliturgicola: vajillas, recipientes de almacenamiento, objetos de adorno personal, esculturas y relieves, elementos arquitectónicos (capiteles), inscripciones, ajuares funerarios y diversos tipos de armamento (falcatas). Por último encontramos piezas de la época andalusí y bajomedieval, así como de la Guerra Civil Española y algunos elementos de carácter etnográfico, religiosos y cotidianos entre los que sobresalen los trajes de Danzantes de San Isidro y documentación acerca de su danza sagrada.