Les collections du musée évoquent les différentes Compagnies des Indes aux XVIIe et XVIIIe siècles et leurs relations avec l'Afrique, l'Inde, la Chine et les Amériques. Les salles présentent la Compagnie des Indes Orientales et Occidentales, la banqueroute du financier Law, la Compagnie perpétuelle des Indes et enfin la Compagnie de Calonne et les différents comptoirs français en Inde, en Chine et en Afrique. La deuxième partie du musée évoque la construction navale de la Compagnie des Indes par des maquettes de plusieurs navires avec notamment des salles consacrées aux routes maritimes, à la santé et à l'hygiène à bord des vaisseaux, à la vie à bord et aux marchandises transportées. Maquette du vaisseau le "Soleil d'Orient" construit au 1/50°. Maquettes de navires, dont la coupe du comte d'Artois, navire construit en 1765, et dioramas des ports de Pondichéry et de Canton. Collection de 450 porcelaines de la Compagnie des Indes "Bleu et blanc", "famille rose" et "famille verte". Marchandises et objets d'art décoratifs liés aux compagnies des Indes, notamment textiles indiens.